Jandarma İstihbarat ve Terörle Mücadele (kısa adı: "JİTEM", gerçek adı: "İstihbarat Grup Komutanlığı"), 1993 yılında, bu oluşuma karşı çıkan Orgeneral Eşref Bitlis katledildikten sonra devletin PKK ile mücadelesi için kurulduğu iddia edilen ancak resmî olmayan ve varlığı devlet kurumları tarafından onaylanmamış bir kurumdur. Varsayılan kurumun Ergenekon'un askerî kanadı olduğu ve PKK'ya parasal ve lojistik anlamda yardım eden bazı kişilerin öldürülmesi ile ilgili olduğu da varsayılan iddialar arasındadır.
Susurluk kazasının ardından TBMM'de kurulan Susurluk Komisyonu'na bilgi veren eski Jandarma Genel Komutanı Teoman Koman, "Jandarma teşkilatı içinde JİTEM adında legal ya da illegal bir örgüt kurulmadığını savunmuş ancak jandarma dışında bu ismi kullanıp kanunsuz işler yapan bir grubun olduğunu söylemiştir. Binbaşı Ersever’in İtirafları kitabının yazarı araştırmacı Soner Yalçın’a göre JİTEM, 1987 yılında Binbaşı Arif Doğan tarafından Jandarma İstihbarat Daire Başkanlığı bünyesinde kurulmuş, İstanbul, Ankara, İzmir, Adana, Diyarbakır, Samsun ve Erzurum’da örgütlenmiştir. Yalçın, JİTEM içerisnde muvazzaflar ve hapishaneden özel izinle çıkarılan PKK itirafçılarının da olduğunu söylemiştir.
Susurluk skandalından yaklaşık bir yıl sonra Başbakanlık teftiş kurulu başkanı Kutlu Savaş tarafından hazırlanan Susurluk Raporu da Soner Yalçın'ın bir çok iddiasını doğrulamıştır. Savaş'ın raporuna göre JİTEM özel timlerin idaresi amacıyla Hulusi Sayın’ın Jandarma Genel Komutanlığı Kurmay Başkanlığı (1981-85) döneminde kurulmuş ve bölgede etkili çalışmalar yapmıştır. Bünyesinde çok miktarda korucu ve itirafçı bulunması nedeniyle ferdi suç oranı yükselmiştir.
1995 Nisan ayında TBMM faili meçhul cinayetler komisyonunun hazırladığı raporda JİTEM’in faaliyetlerinin ne olduğu anlaşılamadığı, devlet organlarının kanunlarla sınırlı görev ve yetkileri aşılıp, yasal boşluklardan yararlanıp yeni kurumlaşmalara gidildiği belirtilmiştir. Raporda JİTEM yetkisiz, görevsiz olduğu polis mıntıkasında polisten habersiz operasyon yapmaktığı savunulmuş. Yasal dayanağı olmayan ve kuruluş amacından saparak bazı yasadışı olaylarla birlikte anılan JİTEM'in faaliyetlerine son verilmesi gerektiği söylenmiştir.
Jandarma Genel Komutanlığı ise bünyesinde bu isimde bir kuruluş bulunmadığını iddia etmekte, ama Ergenekon davası kapsamında ifadelerine başvurulan tanıklar ve bazı sanıklar bu kuruluşun mensubu olduklarını iddia etmektedirler. Ancak Jandarma Genel Komutanlığı da yasal bir kolluk örgütü olması nedeniyle istihbarat faaliyetlerini yasal sorumluluk alanlarında İstihbarat Daire Başkanlığı gibi kendi iç yapılanmasında Jandarma İstihbarat timleri ile yürüttüğünü iddia etmektedir. Bu konuda uyulması gereken resmi kurallar Jandarma Teşkilat ve Görevleri hakkındaki kanundur.
Susurluk Skandalı|Susurluk raporunda yer alan Şerif Avşar cinayetinde JİTEM'ci olduğu öne sürülen eski uzman çavuş Gültekin Sütçü, 2008 yılında Diyarbakır 3. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından 30 yıl hapis cezasına çarptırıldı.